Hellboy föddes i helvetets flammor för 60 år sedan, under andra världskriget. Han fördes till jorden av den onde och galne Grigori Rasputin för att begå ondskefulla handlingar. Meningen var att han ska förebåda jordens undergång, men Hellboy räddas av de allierade styrkorna under ledning av Professor Broom, grundare av den underjordiska rörelsen B.P.R.D. (Bureau for Paranormal Research and Defense). Broom tar Hellboy under sina vingars skydd, betraktar honom som en son och ser till att han får utveckla sina övernaturliga krafter. Trots sitt ursprung blir Hellboy en förkämpe för det goda i världen och ser det som sin uppgift att bekämpa de mörka makter som hotar vår värld.